Βρισκόμαστε στο 2052. Πριν εικοσιδύο χρόνια, ένας ισχυρότατος σεισμός στις δυτικές ΗΠΑ βυθίζει την νότια Καλιφόρνια στον ωκεανό παίρνοντας μαζί του ένα ισχυρό κομμάτι της αμερικάνικης οικονομίας. Όσο η ομοσπονδιακή κυβέρνηση συγκεντρώνεται στο φιλόδοξο πρόγραμμα ανοικοδόμησης της πρώην δυτικής ακτής, άλλες πολιτείες δυσανασχετούν υπό το νέο φορολογικό βάρος.

Το 2031 η Utah αποφασίζει την ανεξαρτητοποίησή της από τις ηνωμένες πολιτείες επιβάλλοντας την κυριαρχία της στις γειτονικές Utah και Nevada. Μέσα στις επόμενες ημέρες, ένοπλες ομάδες στο Texas δηλώνουν την αποκήρυξη του ομοσπονδιακού ζυγού, και η κατάσταση αποσταθεροποιείται και σε άλλες πολιτείες. Οι αποσχιστικές δυνάμεις μένουν γνωστές ως National Secessionist Forces (NSF). Η ομοσπονδιακή κυβέρνηση κυρήττει στρατιωτικό νόμο καταστέλλοντας τις εξεγέρσεις, αν και ο στρατιωτικός νόμος εφαρμόζεται ακόμη συχνά σε μεμονωμένες περιοχές ως τις μέρες μας.

Η επανεμφάνιση της NSF γίνεται το 2042, όταν η κυβέρνηση περνάει νόμους που περιορίζουν την οπλοκατοχή. Αντί να παραδώσουν τα όπλα, πολλοί πολίτες εξεγείρονται ενάντια στην ολοένα και πιο αυταρχική κυβέρνηση, ορκιζόμενοι να ανατρέψουν την ομοσπονδιακή διοίκηση. Η νεοσυσταθείσα οργάνωση βρίσκει συμμάχους σε άλλες αντιστασιακές ένοπλες οργανώσεις ανά τον κόσμο όπως η αραβική Αλ Κάιντα και η γαλλική Silhouette. Με αρχηγό τον Leon Woods, αναζητούν ανεξαρτησία για τις πολιτείες Washington, Montana, Oregon, και Northern California.

Η νέα οργάνωση χαρακτηρίζεται ως τρομοκρατική από την κυβέρνηση των ΗΠΑ και τα Ηνωμένα Έθνη, και αναβαθμίζεται ο ως τότε συμβουλευτικός ρόλος της UNATCO (United Nations Anti Terrorist Coalition), αναλαμβάνοντας δράση κατασκοπείας και καταστολής. Ο ηγέτης της NSF, Leon Woods, σκοτώνεται σε ένοπλη αντιπαράθεση το 2045 αλλά η εξέγερση συνεχίζεται.

Έναν χρόνο αργότερα μια συντονισμένη επίθεση στη δυτική Νέα Υόρκη αφήνει δεκάδες νεκρούς και εκατοντάδες τραυματίες. Επιβάλλεται ζώνωση στα μεγάλα αστικά κέντρα, κλείνοντας με τείχη μεγάλες περιοχές και ελέγχοντας πλήρως την μετακίνηση ανάμεσα σε αυτές.

To 2051, ένα χρόνο πριν την αρχή της ιστορίας, το Άγαλμα της Ελευθερίας καταστρέφεται από μια συντονισμένη τρομοκρατική ενέργεια που αποδίδεται στην Silhouette σε συνεργασία με την NSF. Τα Ηνωμένα Έθνη κυρήττουν ανοικτό πόλεμο στις 2 οργανώσεις, και η UNATCO αναλαμβάνει τον ρόλο συντονισμού των επιχειρήσεων σε διεθνές επίπεδο.

Παράλληλα τον ίδιο χρόνο, ένα μεταλλαγμένο και ιδιαίτερα ανθεκτικό στέλεχος του ιού της γρίπης που ανασύρθηκε από μια αποστολή του 1918 στους πόλους διαφεύγει από το ερευνητικό εργαστήριο που φυλασσόταν ύστερα από ατύχημα, ξεκινώντας μια  γενικευμένη πανδημία γνωστή ως Gray Death. Η εταιρία βιοτεχνολογίας VersaLife παρασκευάζει ένα πειραματικό σκεύασμα που καταστέλλει τα συμπτώματα του ιού, αλλά το κόστος παραγωγής του είναι τεράστιο. Το φάρμακο κυκλοφορεί με το όνομα Ambrosia και η διάθεσή του περιορίζεται στην ελιτ κοινωνία.

Η ιστορία μας ξεκινά το 2052. Η επιδημία του Gray Death και η έλλειψη κάποιας προσιτής αγωγής φέρνουν σε απόγνωση μεγάλες ομάδες του πληθυσμού, απειλώντας τα αστικά κέντρα με αποσταθεροποίηση. Οι δυνάμεις ασφαλείας αποκτούν μόνιμη παρουσία στους δρόμους, ενώ η καταστολή εξεγέρσεων μικρής κλίμακας είναι πλέον καθημερινό φαινόμενο. H NSF βρίσκει μεγάλη υποστήριξη στις εξαθλιωμένες μάζες των φτωχών που βλέπουν φίλους και αγαπημένους να αργοπεθαίνουν από την επιδημία, κατηγορώντας την κετρική κυβέρνηση για απραξία.

Σε μια τεταμένη κατάσταση, η UNATCO αποφασίζει να βγάλει προς τα έξω την νέα γενιά πρακτόρων, οπλισμένους με βιοτεχνολογία τελευταίας λέξης, με στόχο να φέρουν ένα καίριο πλήγμα στην τρομοκρατική απειλή. Οι ήρωες της ιστορίας είναι οι τέσσερις τελευταίας γενιάς nano-augmented πράκτορες, πειράματα δεκάδων εκατομμυρίων δολαρίων ο καθένας, οι οποίοι περνούν στην ενεργό δράση και στην πρώτη γραμμή της μάχης ενάντια στην NSF.