Οι πράκτορες επιστρέφουν στο αρχηγείο για ενημέρωση. Ο διευθυντής της UNATCO, Joseph Manderley, είναι αρκετά ευχαριστημένος με την απόδοσή τους - στην γραμμή του καθήκοντος δεν λογαριάζουν τίποτα για να φέρουν σε πέρας την αποστολή τους! Σε κάθε περίπτωση, η αποστολή δεν έχει ολοκληρωθεί, το φορτίο της Ambrosia είναι ακόμη στα χέρια της NSF. Ο Manderley τους ενημερώνει πως το φορτίο της Ambrosia είναι GPS geo-tagged, οπότε ακολουθούν την πορεία του. Ένα canister βρίσκεται στα χέρια μιας ομάδας NSF που αποσπάστηκε από την κύρια πομπή μετά από σύγκρουση με την ομάδα της UNATCO υπό την πράκτορα Navarre, στο ιστορικό φρούριο Clinton Castle. Η κυρίως ομάδα της NSF προωθήθηκε με τα άλλα οκτώ canisters προς το Manhattan και αυτή τη στιγμή βρίσκεται στο Hell's Kitchen.

Όσο συγκεντρώνονται περισσότερες πληροφορίες για το τί ακριβώς συμβαίνει στο Manhattan, οι πράκτορες είναι να ξεκινήσουν αμέσως για το Castle Clinton, όπου θα επιβλέψουν την κατάσταση και θα ασφαλίσουν το Ambrosia Canister που βρίσκεται εκεί. Στην συνέχεια θα προωθηθούν προς το Manhattan όπου θα ενωθούν με την κύρια ομάδα της UNATCO που συντονίζει ο πράκτορας Adam, οπότε και θα συλλέξουν τα υπόλοιπα Canisters. Ο Manderley κλείνει την ενημέρωση λέγοντας στους πράκτορες να περάσουν από το Med Bay, να επανοπλιστούν και το συντομότερο να βρίσκονται στην προβλήτα!

Ο dr. Jaime Reyes ενημερώνει τους πράκτορες πως στο φορτίο του πλοίου που χτυπήθηκε από την NSF, εκτός από την Ambrosia μεταφέρονταν και κάποια πειραματικά Augmentation Canisters. Τα νανο-εργοστάσια αυτά είναι συμβατά με το είδος bioware που φέρουν οι πράκτορες, οπότε καλό θα ήταν να κρατήσουν τα μάτια τους ανοικτά! Κατά την ιατρική εξέταση, ο γιατρός αποφασίζει να κρατήσει τον CryoZ στο αρχηγείο καθώς ένα τραύμα από σφαίρα έχει σφηνώσει στο comm interface που φέρει στο στήθος του και χρειάζεται manual επέμβαση. Oι υπόλοιποι περνούν από τα med-bots και φεύγουν άμεσα προς την προβλήτα, με προορισμό το Battery Park.

Castle Clinton

Tο ταχύπλοο της αστυνομίας αφήνει τους τρεις πράκτορες στην προβλήτα του πάρκου, δίπλα στο ιστορικό φρούριο. Όλη η περιοχή είναι γεμάτη στρατιώτες της UNATCO, οι οποίοι έχουν στριμώξει τους τρομοκράτες μέσα στο φρούριο. Η πράκτορας Navarre, μια αιμοδιψής αποφασισμένη προσωπικότητα, έχει διαταγές να παραδώση την οργάνωση της επιχείρησης στους ήρωες, ακολουθώντας πιστά διαταγές.

Οι πράκτορες αποφασίζουν να δοκιμάσουν μια stealthy προσέγγιση. Σκαρφαλώνουν στην οροφή του κτιρίου, εξουδετερώνουν τις περιπόλους μεταμφιεζόμενοι σε NSF, και εισβάλλουν στο κιόσκι που είναι ταμπουρωμένοι οι τρομοκράτες. Παρατηρούν πως υπάρχει ένα υπόγειο, στο οποίο και εισβάλλουν προεσκετικά, απομονώνοντας τους τρομοκράτες σε μικρές ομάδες και εξουδετερώνοντάς τους.

Τα υπόγεια του φρουρίου συνδέονται με το σύστημα αποχέτευσης του πάρκου. Οι NSF έχουν μεταφέρει το φορτίο εκεί, προσπαθώντας να το φυγαδεύσουν από τους υπόνομους, αλλά οι πράκτορες τους προλαβαίνουν. Εντοπίζουν το Ambrosia Canister, και μαζί του ένα αλουμινένιο ασφαλισμένο βαλιτσάκι με τα διακριτικά της Versa Life, της σημαντικότερης εταιρίας nanotech του πλανήτη. Ο απολογισμός, έξι νεκροί και κοντά είκοσι τραυματίες και συλληφθέντες.

Hell's Kitchen

Με το πρώτο Ambrosia Canister ασφαλές, οι πράκτορες επιβιβάζονται στο μαύρο van που τους περιμένει και διασχίζουν το νυχτερινό Manhattan πλησιάζοντας προς το Hell's Kitchen. Έρχεται η ενημέρωση από το αρχηγείο, περιγράφοντας την κατάσταση:

Ο χώρος που έχουν σταματήσει οι τρομοκράτες είναι μια αποθήκη στο εσωτερικό ενός οικοδομικού τετραγώνου. Το κτίριο είναι ενεργειακά αυτόνομο καθώς διαθέτει δική του γενήτρια, ενώ το ηλεκτρομαγνητικό του σήμα δείχνει πως είναι γεμάτο συστήματα ασφαλείας. Τα φαινόμενα δείχνουν πως πρέπει να είναι ένα από τα σημαντικότερα αρχηγεία της NSF στην Νέα Υόρκη, και η προσέγγιση πρέπει να είναι σωστή για να αποφευχθεί μια τεράστια αιματοχυσία.

Ο Manderley έχει χωρίσει την επιχείρηση σε δυο μέρη: οι τρεις πράκτορες θα προωθηθούν στο σημείο κρυφά, με στόχο να απενεργοποιήσουν την ηλεκτρογενήτρια της αποθήκης χωρίς να έρθουν σε ανοικτή σύγκρουση με τους τρομοκράτες. Μόλις πέσει το ρεύμα στα κυκλώματα ασφαλείας, ο Adam που είναι ήδη προωθημένος στην γύρω περιοχή μαζί με την κυρίως ομάδα της UNATCO θα εισβάλλει στο χώρο εκμεταλλευόμενος το χάος, ασφαλίζοντας το φορτίο.

Το μαύρο βανάκι φτάνει στο χώρο ενδιαφέροντος. Παρκάρουν λίγα τετράγωνα πιο κάτω όπου και παρατηρούν λεπτομερώς την περιοχή. Η μόνη είσοδος με όχημα φυλάσσεται, ενώ τα κτίρια τριγύρω είναι ψηλά και σκοτεινά, τέλειο σημείο για snipers.

Όσο ζυγιάζουν το σχέδιο δράσης, η Shade παρατηρεί ένα περιστατικό βιασμού σε μια σκοτεινή γωνιά να εξελίσσεται. Αποφασίζει να δράσει μόνη της, πλησιάζοντας πίσω από τον επιθετικό πρώην γκόμενο που δεν καταλαβαίνει το όχι. Η Shade παρατηρεί την κατάσταση, και όταν οι προθέσεις του τύπου είναι σαφείς, τον εξουδετερώνει με δέκα χιλιάδες βολτ στον αυχένα. Η κοπέλα είναι ευγνώμων. Συστήνεται στην Shade ως Sandra Renton, και της ζητά να την συνοδέψει στο ξενοδοχείο του πατέρα της, λίγο παρακάτω στο δρόμο, για να καταγγείλει τον τυπά.

Φτάνοντας εκεί, η Shade παρατηρεί πως το ξενοδοχείο έχει πρόσβαση στις ταράτσες, από όπου και θα μπορούσαν να πλησιάσουν την αποθήκη της NSF. Κανονίζει για ένα δωμάτιο με πρόσβαση στη σκάλα πυρασφάλειας, όπου και συγκεντρώνεται ξανά η ομάδα.

Το πέρασμα από κτίριο σε κτίριο είναι δύσκολο αλλά όχι ακατόρθωτο. Οι πράκτορες σκαρφαλώνουν, πηδάνε από κτίριο σε κτίριο αθόρυβα, και καταγράφουν την παρουσία των ακροβολισμένων snipers της NSF. Στην συνέχεια, προωθούνται σταδιακά από κτίριο σε κτίριο εξουδετερώνοντας την αντίσταση, ώσπου καταφθάνουν στην ταράτσα της αποθήκης.

Έχοντας μπει μέσα στο κτίριο, ο ρυθμός γίνεται εντονότερος. Οι πράκτορες κατεβαίνουν έναν όροφο, παρακάμπτοντας φρουρούς και συστήματα ασφαλείας, ώσπου εντοπίζουν ένα δωμάτιο κλειδωμένο από ισχυρό ηλεκτρονικό σύστημα. Ο Sin το παραβιάζει, και εισέρχονται στο δωμάτιο των servers της αποθήκης. Ο Sin χακάρει το σύστημα αρκετά ώστε να αποκτήσει πρόσβαση στο υποσύστημα που ελέγχει τον κύκλο νερού στο κτίριο. Απενεργοποιώντας το, θα οδηγηθεί η γεννήτρια σε υπερθέρμανση και πιθανότατα μια βίαιη έκρηξη σε λίγα λεπτά. Ο πράκτορας δίνει την εντολή στο σύστημα, και αμέσως οι τρείς ήρωες φεύγουν όπως ήρθαν, φροντίζοντας να απομακρυνθούν σε ασφαλές σημείο.

Η γεννήτρια δεν αργεί να εκραγεί. Ο Alex από το αρχηγείο ενημερώνει τους πράκτορες ότι το κτίριο έχει βυθιστεί στο σκοτάδι, και η ομάδα του Adam ξεκινά την εισβολή για να ανακτήσει την Ambrosia. Οι ίδιοι μπορούν να επιστρέψουν στο αρχηγείο στο Liberty Island...

Ανατροπή

Καταφθάνοντας πίσω στο αρχηγείο, ενημερώνονται από την ενδοεπικοινωνία πως η αποστολή απέτυχε! Ο Adam εξαφανίστηκε μόλις πήρε την οδηγία εισβολής, η ομάδα του έμεινε αποσυντονισμένη και χωρίς αρχηγό στο κρισιμότερο σημείο. Στον κρίσιμο χρόνο που χάθηκε, οι NSF εκκένωσαν το φορτίο από τα υπόγεια τούνελ, μπαίνοντας στο παλιό αχρησιμοποίητο δίκτυο του μετρό.

Μέσα στο αρχηγείο της UNATCO επικρατεί έντονη αναταραχή - τι απέγινε με τον Adam? Η κίνηση του πράκτορα μυρίζει προδοσία, και αυτό έχει γεμίσει άγχος όλη την οργάνωση. Παράλληλα, γραφειοκράτες Men in Black από την Washington έχουν καταφθάσει, επικρίνοντας έντονα την έκβαση της επιχείρησης.

Οι πράκτορες ακούν στιγμιαία μια στιχομυθία που ανταλλάζει ο Manderley με έναν μαυροντυμένο γραφειοκράτη με σημάδια biotech augmentations στο πρόσωπό του (που αργότερα μαθαίνουν πως είναι ο διευθυντής της FEMA, Federal Emergency Management Agency). Ο διευθυντής της UNATCO αδυνατεί να εξηγήσει πως ένας τόσο πιστός πράκτορας μπορεί να έχει προβεί σε μια τέτοια ακατανόητη κίνηση και να μην έχει ακόμη έρθει σε επαφή με την οργάνωση. Ο γραφειοκράτης, εμφανώς απογοητευμένος και εκνευρισμένος αποφαίνεται πως "το πείραμα" είναι μια αποτυχία και συνιστά να "ενεργοποιηθεί το killswitch".

Στη συνέχεια, ο Manderely καλεί τους πράκτορες και τους ενημερώνει για τα συμβάντα. Η Ambrosia πρέπει να επανακτηθεί με κάθε κόστος! Πρέπει να ακολουθήσουν τα βήματα της NSF μέσα στους παλιούς υπόνομους, αχρησιμοποίητους από το σεισμό του '37, και να εντοπίσουν τα υπόλοιπα Ambrosia Canisters. Μόλις πάρουν το ΟΚ από τους γιατρούς, θα επιστρέψουν στο Hell's Kitchen από όπου και θα ακολουθήσουν το μονοπάτι των τρομοκρατών.

Όσο οι άλλοι περνούν τα ιατρικά τεστ, ο Sin παρατηρεί τον Walton Simons που κατευθύνεται προς τα κελιά των κρατουμένων. Ο γραφειοκράτης μπαίνει μέσα σε ένα κελί από άθραυστο γυαλί, όπου και ανακρίνει έναν από τους συλληφθέντες. Τον απειλεί, και όταν αυτός δεν αποκαλύπτει τίποτα, δεν διστάζει να τον πυροβολήσει στο κεφάλι. Βγαίνοντας, ο Simons παρατηρεί τον Sin, τον οποίο διώχνει από την σκηνή με ένα "εδώ δεν είδες τίποτα, πράκτορα"...

Smuggler

Οι πράκτορες επιστρέφουν με ελικόπτερο στο Hell's Kitchen. Αρχίζουν την αναζήτηση πηγαίνοντας στην Sandra Renton που διέσωσαν νωρίτερα, ζητώντας της πληροφορίες για τα εγκατελειμμένα τουνελ. Αυτή δεν γνωρίζει ιδιαίτερες πληροφορίες, αλλά τους οδηγεί στον Smuggler, έναν γνωστό της με συνδέσμους στον υπόκοσμο.

Το κρυσφήγετο του Smuggler ειναι κλειστό προς τους πελάτες, αλλά οι πράκτορες εξουδετερώνουν αρκετά αμυντικά συστήματα ώσπου να εισέλθουν στα ενδότερα οπου τους περιμένει ο Smuggler. Αυτός τους εξηγεί πως άγνωστοι μυστήριοι τύποι απαγάγουν κόσμο στην περιοχή εδώ και μήνες. Πριν λίγες μέρες, απήγαγαν και τον καρδιακό φίλο του Smuggler, Fred. Ο Smuggler τους ακολούθησε μέσα στο σύστημα αποχετεύσεων, στέλνοντας ανθρώπους του να απελευθερώσουν τον Fred, οι οποίοι βρήκαν γρήγορο θάνατο στα χέρια των αγνώστων. Ο Smuggler πιστεύει πως δεν είναι εγκληματίες αλλά κυβερνητικοί πράκτορες από τον επαγγελματισμό τους, έχει τρομοκρατηθεί και έχει κλειστεί στο καβούκι του.

Οι πράκτορες προτείνουν να διασώσουν τον Fred αν ο Smuggler υποσχεθεί να τους δείξει το δρόμο για τα τούνελ, και φεύγουν προς το σημείο των υπονόμων που κατέδειξε ο Smuggler για να ερευνήσουν το ζήτημα. Κάτω στους υπονόμους βρίσκουν ένα σημείο όπου άντρες της NSF πυροβολήθηκαν με έναν άγνωστο στρατιώτη μπροστά σε μια μυστήρια μεταλλική πόρτα που δεν ανήκει στο περιβάλλον των υπονόμων. Η μάχη τους άφησε όλους νεκρούς.

Ερευνώνας τον μυστήριο μαυροντυμένο φρουρό, οι πράκτορες παρατηρούν πως ο εξοπλισμός του είναι αντίστοιχου επιπέδου με της UNATCO, αν όχι ανώτερος. Δεν φέρει κανένα διακριτικό πέραν του λατινικού αριθμού ΧΙΙ στο κράνος. Ο Sin βρίσκει ένα datapad με τις οδηγίες του φρουρού: "Covert surveillance of the NSF Warehouse. Stay clear of the police and do not interfere with any UNATCO operations."

H πόρτα οδηγεί σε ένα αχαρτογράφητο κομμάτι των υπονόμων όπου λειτουργεί ένα high-tech εργαστήριο με συνοδευτικά holding cells. Οι πράκτορες εξουδετερώνουν τους 2 φρουρούς και απελευθερώνουν τους κρατουμένους και τον Fred. Αυτός τους λέει πως είναι γενετικός βιολόγος, και οι απαγωγείς του τον ανάγκασαν να κάνει πειράματα μεταφοράς της ambrosia σε gray death victims. Για τις ανάγκες των πειραμάτων, οι απαγωγείς έφερναν συχνά νέους ανθρώπους τους οποίους μόλυναν με τον ιό. Η αίσθηση του Fred είναι πως οι απαγωγείς του, όποιοι και να είναι, ενδιαφέρονται περισσότερο για να μελετήσουν τον ιό και την μεταφορά του παρά την εξουδετέρωσή του.

Επιστρέφοντας στον Smuggler, αυτός τους ευχαριστεί για την διάσωση του φίλου του και τους δίνει οδηγίες για το πώς θα περάσουν στα παλιά τούνελ του μετρό. Τους ενημερώνει πως μέσα στα τούνελ ζουν οι ζητιάνοι Mole People, δραστηριοποιούνται συμμορίες με σημαντικότερους τους Rooks, ενώ είναι και πιάτσα ναρκωτικών με dealers και πρεζάκια να συμπληρώνουν το τοπίο. H NSF έχει επαφές με τους mole people και σίγουρα κάποιου είδους συμφωνία με τους άλλους παίκτες του μέρους.

Οι πράκτορες χωρίς να χάσουν χρόνο, κατεβαίνουν στα τούνελ στην αναζήτηση του υπόλοιπου φορτίου Ambrosia.