Οι ήρωες αποχαιρετούν τον Morgan Everett και ανεβαίνουν στην ταράτσα του ουρανοξύστη για να επιβιβαστούν στο ελικόπτερο και να αφήσουν το Παρίσι με προορισμό την νέα δυτική ακτή των ΗΠΑ και την αεροπορική βάση Vandenberg.

Πριν επιβιβαστούν, η Shade εντοπίζει ύποπτες κινήσεις από τον μηχανικό που συντηρεί το ελικόπτερο. Μετά από μια σύντομη ανάκριση, ο τύπος φανερώνεται ως πράκτορας της MJ12 που σκότωσε τον μηχανικό του Everett, και είχε στόχο να βάλει μια βόμβα στο ελικόπτερο. Ο παρά λίγο σαμποτέρ τελικά σπρώχνεται στο κενό, όσο η ομάδα απογειώνεται με τον ήλιο να ανατέλλει.

Vandenberg Air Force Base

Προς την δύση του ήλιου, η βάση Vandenberg εμφανίζεται στον ορίζοντα, μόνη της μέσα σε ένα ερημικό πλατώ. Όσο το ελικόπτερο πλησιάζει, φαίνονται εκρήξεις στην είσοδο της βάσης! Οι ήρωες απογειώνονται βιαστικά στον αεροδιάδρομο και πλησιάζουν προς τα δρώμενα: στρατιώτες και bots της Majestic 12 έχουν εξαπολύσει πλήρη επίθεση, κυριεύοντας τον εξωτερικό χώρο όσο προσπαθούν να εισβάλλουν στα ενδότερα. Μια επιστήμονας, που οι ήρωες την σώζουν από τα χέρια των μαυροντυμένων στρατιωτών, τους αναφέρει πως έχει αποκοπεί η παροχή ρεύματος στο security bunker που φυλάσσει τα MilBots άμυνας της βάσης - δυο τερματικά σε διαφορετικά σημεία της βάσης μπορούν να επαναφέρουν το ρεύμα, αν κάποιος καταφέρει να φτάσει ως αυτά.

Οι ήρωες κατορθώνουν να ενεργοποιήσουν το ρεύμα χωρίς να γίνουν αντιληπτοί, όσο ο στρατός της MJ12 επικεντρώνεται στο κεντρικό κτίριο της βάσης. Τέσσερα θηριώδη στρατιωτικά ρομπότ απελευθερώνονται στο πεδίο μάχης, σπέρνοντας ρουκέτες και δεκάδες κιλά κάλυκες. Η μάχη είναι σφοδρή, οι ήρωες υποστηρίζουν τα MilBots και στο τέλος βγαίνουν νικητές. Συνεχίζουν τις εκκαθαριστικές επιχειρήσεις και στο εσωτερικό της βάσης, ώσπου κατατροπώνουν όλη την αντίσταση.

Η βάση βγαίνει από lockdown, και η ομάδα προχωρά στα ενδότερα, όπου έχει καταφύγει η ομάδα του Dr. Gary Savage. Το απόρρητο μέρος της βάσης στεγάζει τα υπολογιστικά συστήματα που υποστηρίζουν τον Universal Constructor που πασχίζουν να λειτουργήσουν οι επιστήμονες της X-51. O Dr. Savage αναφέρει στους ήρωες πως η επίθεση έχει χτυπήσει το κέντρο των υπολογιστών, αχρηστεύοντας προσωρινά τα συστήματά τους.

Επίσης, για να τεθεί σε λειτουργία το Universal Constructor απαιτεί το schematic από το containment unit, που αυτή τη στιγμή μια ομάδα έχει σταλεί να το φέρει από το Pasadena Ocean Lab. Η κόρη του Dr. Savage είναι επικεφαλής αυτής της αποστολής, και οι Χ-51 αναμένουν την επιστροφή της από στιγμή σε στιμγή.

Οι ήρωες δεν χάνουν χρόνο - επαναφέρουν το σύστημα σε λειτουργία και άμεσα ο CryoZ συνδέεται στο MilNet, ανεβάζοντας τον Daedalus στην καρδιά του συστήματος.

Το ΑΙ χυμάει με δύναμη στους κόμβους του MilNet, εκπλήσσεται όταν βλέπει τον καθρέφτη του να παραμονεύει: ο Icarus περιμένει αυτή τη στιγμή. Οι 2 ΑΙ αναμετρώνται πλησιάζονται και σμίγουν, ο Daedalus ανήσυχος, ο Icarus με αυτοπεποίθηση. Τα μηνύματα των δυο σμίγουν - οι φωνές στην αρχή διπλές, μετά μια ηχώ παραμένει όσο η υπογραφή στο log αλλάζει: "Είμαστε ένα. Helios. Ye-e-e-es..."

"Ξεχάσατε το Aquinas Protocol. Άκουγα τον Daedalus από την αρχή. Σας ευχαριστώ που μου τον φέρατε", ακούγεται ο Bob Page μέσα στην ενδοεπικοινωνία. "Πάντα είχα το πάνω χέρι! Τώρα, πηγαίνετε να συναντήσετε τον Savage, έχω να σας κάνω μία ανακοίνωση."

Οι ήρωες είναι συγκλονισμένοι - σίγουρα η συνάντηση των ΑΙ δεν πήγε όπως περίμεναν, και το κύριο όπλο τους μοιάζει να τους έχει εγκαταλείψει. Επιστρέφουν στους επιστήμονες, όπου και ο Bob Page ξεκινά μια ολο-κλήση.

"Χαίρομαι που σας βρίσκω όλους μαζεμένους."

"Δεν είσαι σε θέση να απαιτείς τίποτα από εμάς, Page" φωνάζει ο Gary Savage.

"Κάθε άλλο! Το σχέδιό μου αντιμετωπίζει δυσκολίες, αλλά το ίδιο και τα δικά σας. Έπιασα την κόρη σου και την ομάδα της πριν μια περίπου ώρα", λέει ο δισεκατομμυριούχος. Όσο ο Savage κοιτά τρομαγμένος, ο Page συνεχίζει. "Ώστε θέλατε ένα containment unit από το Ocean Lab... Λυπάμαι, αλλά δεν είναι δυνατό."

Χαμογελάει, και συνεχίζει. "Οι πράκτορες κατέστρεψαν το Universal Constructor μου στο Hong Kong, και η ομάδα σου, Savage, κλέψατε φεύγοντας από την Area 51 τα Reaction Modules που με εμποδίζουν να ενεργοποιήσω τον νέο μου UC στην Area 51. Θα μου επιστρέψεις τα modules, και θα σου δώσω την κόρη σου. Θα μου τα φέρεις σε μια ώρα στο παλιό βενζινάδικο στα δυτικά."

"Μην διαπραγματεύεσαι", λέει ο Travis στον επιστήμονα. "Πράκτορες, σας ήθελα εδώ για ένα λόγο", απαντά ο Bob Page. "Εάν τολμήσετε να εμφανίστείτε κοντά στο βενζινάδικο, η Tiffany θα σκοτωθεί ακαριαία. Φέρτε μου τα modules!"

Η επικοινωνία τερματίζεται. Οι ήρωες αποφασίζουν πως δεν θα παραδώσουν τα όπλα και δεν διαπραγματεύονται. Αποφασίζουν να πάνε στο βενζινάδικο να διασώσουν την κοπέλα και στη συνέχεια να συνεχίσουν την αποστολή που αυτή απέτυχε, βρίσκοντας το schematic στο Ocean Lab της MJ12.

Όμηρος στο βενζινάδικο

Τα περίγυρα του βενζινάδικου δεν προσφέρουν ιδιαίτερες κρυψώνες. Ήδη βρίσκεται ένα μαύρο φορτηγό παρκαρισμένο δίπλα στο κυρίως κτίριο του βενζινάδικου, ενώ τρεις περίπολοι ελέγχουν όλη την γύρω ακτίνα.

Οι πράκτορες προωθούνται στο ξεραμένο ρέμα, πλησιάζοντας προς το χώρο, και ο Sin κατασκοπεύει την περιοχή. Από τον φεγγίτη του κτιρίου φαίνεται πως μέσα υπάρχει ένα κλειδωμένο δωμάτιο, με έναν Man in Black καθισμένο σε μια καρέκλα ακριβώς απ'έξω. Δεν θα υπήρχε τέτοιος φρουρός αν δεν έχει κάτι σημαντικό το δωμάτιο μέσα... Η όμηρος πρέπει να βρίσκεται μέσα.

Ο Travis με την Shade ανεβαίνουν στην οροφή του κτιρίου, όσο ο Sin και ο Cryo ασφαλίζουν την έξω περιοχή. Ο Travis σπάει τον φεγγίτη πηδώντας μέσα με το αυτόματο να ξερνά φωτιά, όσο η Shade στοχεύει στον MiB από το ταβάνι. Ο τύπος σηκώνει ένα πειραματικό plasma gun και λούζει τον Travis στον πόνο, μέχρι που η Shade τον αποτελειώνει με μια κοντινή βολή από shotgun. Η έκρηξη που ακολουθεί ισοπεδώνει το εσωτερικό του μαγαζιού, αλλά ο Travis τοποθετείται ως ασπίδα ώστε η έκρηξη να μην σκοτώσει την κοπέλα.

Έξω οι άλλοι 2 ήρωες φέρνουν την κατάσταση υπό έλεγχο, και καλούν το ελικόπτερο να έρθει άμεσα. Στην ασφαλή συνοδεία της ομάδας, η κόρη του Savage ενημερώνει τους ήρωες για την αποστολή της.

To υποβρύχιο εργαστήριο στην νέα δυτική ακτή ήταν μέχρι πριν λίγες μέρες το κύριο κέντρο έρευνας των Page Industries πάνω στην σύνθεση και επεξεργασία ζωής μέσω της νανοτεχνολογίας. Φιλοξενεί στα σπλάχνα του τον μοναδικό λειτουργικό Universal Constructor στο δυτικό ημισφαίρο, εκτός αυτού στο Hong Kong - ή τουλάχιστον φιλοξενούσε, γιατί φαίνεται πως υπέστη κάποιου είδους ολέθριο ατύχημα. Η Tiffany Savage δεν κατάφερε να διεισδύσει στα ενδότερα τόσο ώστε να μάθει περισσότερα.

Το Ocean Lab βρίσκεται βαθειά στον πάτο του ωκεανού, και ο μόνος τρόπος να το πλησιάσει κανείς είναι χρησιμοποιώντας τα υποβρυχιάκια που βρίσκονται στο επίγειο σκέλος της βάσης στην ακτή. Ο χώρος φυλάσσεται καλά στη στεριά από snipers, bots και περιπόλους, οπότε η ομάδα της κοπέλας δοκίμασε να προσεγγίσει από την θάλασσα. Δεν υπολόγιζαν όμως στους υπερεξοπλισμένους δύτες, οι οποίοι τους εξουδετέρωσαν.

Οι ήρωες αποφασίζουν να προωθηθούν στο Ocean Lab όσο είναι ακόμα απροετοίμαστοι - αν καθυστερήσουν . Δίνουν οδηγίες στον Jock τον πιλότο, και φεύγουν για την ακτή.

Pacific Rim Ocean Lab

Οι ήρωες προσεγγίζουν το επίγειο τμήμα της βάσης από την ακτή. Η βάση είναι χωρισμένη σε τρία τμήματα, με τσιμενένιους στήλους να τα υψώνουν πολλά μέτρα πάνω από το έδαφος. Αρκετοί φρουροί με μηχανική συνοδεία περιπολούν τριγύρω.

Η προσέγγιση είναι καλά χορεογραφημένη - ο Sin καταλαμβάνει ένα bot και αναλαμβάνει να καθηλώσει τους snipers στην οροφή, όσο ο Travis με την Shade εισβάλλουν στον πύργο και κατευθύνονται στα ενδότερα. Οι φρουροί δεν περιμένουν τέτοια σφοδρή επίθεση και αποδεκατίζονται πριν προλάβουν να οργανωθούν.

Όσο οι ήρωες κατευθύνονται στα εσωτερικά, παρατηρούν πως το μέρος μοιάζει να εγκαταλείφθηκε βιαστικά. Στο δεύτερο τμήμα της βάσης, συναντούν έναν επιστήμονα που τους ενημερώνει για την κατάσταση με αντάλλαγμα την ελευθερία του: το υπόγειο εργαστήριο χτυπήθηκε από ένα καλοστημένο σαμποτάζ - μεγάλα τμήματα έχουν πλημμυρίσει και τα πλάσματα των πειραμάτων έχουν χυθεί στα τούνελ. Τα συστήματα ασφαλείας δεν ανταποκρίνονται, ενώ το Life Support Unit μοιάζει πλήρως ανενεργό. Δεδομένης της κατάστασης, διατάχτηκε η εκκένωση του εργαστηρίου, η οποία ολοκληρώθηκε πριν λίγες ώρες. Πλεον δεν υπάρχει κανένας ζωντανός άνθρωπος εκεί κάτω.

Η ομάδα προωθείται εξουδετερώνοντας την άμυνα στο τρίτο σκέλος της βάσης, ώσπου καταφθάνουν στο Sub Bay. Δύο μικρά κίτρινα βαθυσκάφη τους περιμένουν για να τους οδηγήσουν βαθειά στον πάτο του ωκεανού, στο αφιλόξενο περιβάλλον που στέγαζε τα ανήθικα πειράματα της MJ12.

Το Ocean Lab είναι σε άσχημη κατάσταση. Αρκετά διαμελισμένα πτώματα, πλημμυρισμένοι διάδρομοι, απελευθερωμένα μεταλλαγμένα πλάσματα σε μισότρελη κατάσταση να αλληλοσπαράζονται και να φωλιάζουν στα εργαστήρια. Τα ηλεκτρονικά συστήματα μοιάζουν αποσυντονισμένα, κατεστραμμένα με αποτελεσματικότητα.

Όσο οι ήρωες προωθούνται μέσα στους διαδρόμους με κατεύθυνση το υπόγειο Manufacturing Sector που στέγαζε το Universal Constructor, βρίσκουν στοιχεία που διαφωτίζουν το τι έγινε: ένας από τους επιστήμονες του εργαστηρίου συνειδητοποίησε την πραγματική φύση της Majestic 12, τα ζοφερά σχέδια κατάκτησης του κόσμου μέσω των ιών και της επιβολής, και αποφάσισε να θέσει ένα τέλος στο όλο εγχείρημα. Έχοντας την κατάλληλη πρόσβαση, ο Dr. Ridley κατάφερε να προωθήσει έναν ιό στα υπολογιστικά συστήματα, όσο άνοιξε τις βαλβίδες πλημμυρίζοντας τη βάση. Η απελευθέρωση των τεράτων ήταν πιθανότατα η τελευταία του πράξη, που σφράγισε την καταστροφή του εργαστηρίου.

Το υπόγειο που φυλάσσει τον Universal Constructor είναι στεγανό, σκαμμένο μέσα στον βράχο. Το μηχάνημα είναι ανενεργό, περιμένοντας μοναχικά στον πέτρινο θόλο του. Ο Cryo αποκτά πρόσβαση στα schematics του Universal Constructor, τα κατεβάζει και με μιας τα επαναπροωθεί στον Gary Savage.

Ο επιστήμονας είναι καταχαρής! "Έξι ώρες θα χρειαστούμε για να ολοκληρώσουμε τον UC στο Vandenberg, και ξεκινάμε την παραγωγή του αντίδοτου! Συγχαρητήρια! Στέλνω τον Jock να σας παραλάβει."

Πριν προλάβει η ευφορία να διαχεθεί, ο Bob Page εισβάλλει στην συνομιλία. "Ευχαριστώ και εγώ για τις πληροφορίες - το schematic που στείλατε στον Savage είναι φυσικά και στα χέρια μου. Με την βοήθειά σας ο Helios απέκτησε πρόσβαση στα τερματικά του Ocean Lab, δίνοντάς μου τα modules που χρειάζομαι για να λειτουργήσω το δικό μου UC. "

"Έρχεται η σειρά σου και σένα", ανταπαντά ο Travis οργισμένος.

"Πάντα ο αισιόδοξος, Travis. Θα χρειαζόσασταν έναν στρατό ολόκληρο να μου επιτεθείτε στην Area 51, ενώ πολύ σύντομα - αν ο πύραυλος είναι ακριβής - ο Universal Constructor και η βάση Vandenberg θα γίνουν μια μουτζούρα στο χάρτη."

Πριν προλάβουν να αναλογιστούν την βαρύτητα της τελευταίας πρότασης, ο Gary Savage φωναζει στην ενδοεπικοινωνία: "Έρχεται ένα υποβρύχιο προς την βάση, προσέξτε! Θα είναι κάτω σε λίγα λεπτά."

Οι ήρωες τρέχουν προς την προβλήτα των υποβρυχίων. Στρατιώτες της UNATCO πυροβολούν από απέναντι, όσο εμφανίζεται ο Walton Simons.

"Τελικά μας βοηθήσατε, πόση ειρωνία. Ξέρεις, υπάρχει μία μόνο λύση για όσους έχουν προσβληθεί από την αρρώστεια. Σε γενικές γραμμές, δεν ήσασταν άσχημο πείραμα. Φυσικά, έχω καλύτερες εκδόσεις του λογισμικού από εσάς!"

Οι ήρωες είναι εξουθενωμένοι, αλλά τα δίνουν όλα, επιτιθέμενοι με μανία στον Simons και την ομάδα του. Ο augmented συνομώτης γίνεται αόρατος για να προστατευτεί από τις σφαίρες, ενώ σπέρνει ριπές πλάσματος ενάντια των ηρώων. Οι ήρωες συντονισμένοι του κόβουν την ορατότητα, ραπίζοντας την πορεία του. Ο CryoZ ρίχνει το τελειωτικό χτύπημα στον Simons, ίσα ίσα πριν αυτός προλάβει να εκτελέσει την Shade, και ο αρχηγός της FEMA και δεξί χέρι του Bob Page σωριάζεται στο πάτωμα, για να εκραγεί λίγα δευτερόλεπτα αργότερα.

Καιρός για γρήγορες αποφάσεις

Η ομάδα παίρνει το υποβρύχιο, βγαίνοντας στην επιφάνεια όπου περιμένει ο Jock με ιατρικές βοήθειες. Ο Savage επιβεβαιώνει την απειλή του Bob Page: στρατιώτες της MJ12 κατέλαβαν ένα Missile Silo στα βόρεια της κομητείας. Δεν υπήρξαν αιτήματα ή περαιτέρω επικοινωνία. Η διαδικασία εκτόξευσης έχει ήδη ξεκινήσει. Θέλουν να σβήσουν το Vandenberg από το χάρτη!

Οι ήρωες συνειδητοποιούν πως η μόνη λύση είναι να σταματήσει αυτή η εκτόξευση - πρέπει να διεισδύσουν στα υπόγεια του missile silo και να ακυρώσουν την απειλή πριν ο πύραυλος απογειωθεί.

Το ελικόπτερο απογειώνεται για μια ακόμη φορά μέσα στο σκοτεινό ουρανό, μεταφέροντας την κουρασμένη ομάδα σε ακόμη πιο επικίνδυνα μονοπάτια...